Η ιστορία του Γυμνασίου μας ξεκινά από το σχολικό έτος 1994-1995. Τότε λειτούργησε για πρώτη φορά ύστερα από τον ιδρυτκό Νόμο Δ4/499/1-11-1994. Έδρα του ορίστηκε ο οικισμός Δαράτσος που αποτελούσε τότε τμήμα του Καποδιστριακού Δήμου Νέας Κυδωνίας, στα δυτικά του Δήμου Χανίων. Ήδη, με την εφαρμογή του σχεδίου «Καλλικράτης», έχει συγχωνευθεί με τον Δήμο Χανίων, του οποίου αποτελεί πλέον Δημοτικό Διαμέρισμα.
Το δεύτερο στοιχείο της περιφραστικής ονομασίας («Κυδωνία») υπενθυμίζει την ονομασία μιας από τις πέντε επαρχίας του Νομού Χανίων που υπήρχαν πριν από την αναδιάρθρωση της Τοπικής Αυτοδιοίκησης. Έχει όμως την καταγωγή της στην μινωική εποχή, κατά την οποία στη θέση όπου σήμερα βρίσκονται τα Χανιά είχε ιδρυθεί και ακμάσει λαμπρή πόλη με το όνομα Κυδωνία οφειλόμενο, κατά την παράδοση, στον επώνυμο οικιστή Κύδωνα, γιο του Ερμή ή του Απόλλωνα από την Νύμφη Ακακαλλίδα, θυγατέρα του Μίνωα ή του Τεγεάτη.
Το Γυμνάσιο Νέας Κυδωνίας, όπως εξ αρχής ονομάστηκε, ιδρύθηκε για να καλύψει τις ανάγκες του Δήμου, περιοχής με ραγδαία ανάπτυξη οικιστική, οικονομική, πληθυσμιακή. Πολύ σύντομα ο αριθμός των μαθητών σχεδόν διπλασιάστηκε, με αποτέλεσμα να έχουν εξαντληθεί οι δυνατότητες για κάλυψη των νέων αναγκών που ανακύπτουν με ταχείς ρυθμούς.
Πρώτος Διευθυντής του Γυμνασίου, και μέχρι 2 Σεπτεμβρίου 2002, διετέλεσε ο ιερέας πατήρ Στυλιανός Θεοδωρογλάκης. Τον διαδέχθηκαν ο Σταύρος Λακιωτάκης στις 2 Αυγούστου 2002 μέχρι και τον Αύγουστο του 2007 και εν συνεχεία ως προσωρινός Διευθυντής (Αύγουστος - Νοέμβριος 2007) ο μέχρι τότε (και από το σχολικό έτος 1998-1999) και μετά ταύτα (μέχρι και το σχολικό έτος 2010-2011) Γεώργιος Λουπάσης ενώ από τον Νοέμβριο 2007 έως το Νοέμβριο του 2018 διευθυντής ήταν ο Βασίλης Βαζιτάρης. Τωρινή διευθύντρια του σχολείου (Δεκέμβριος 2018-σήμερα) είναι η Ιωάννα Βουρεξάκη.
